Infections urinaires communautaires : cystite, pyélonéphrite et infection urinaire masculine

Recommandation 2024 HAS • SPILF • Mis à jour 25 juillet 2024

Résumé des recommandations pour le généraliste

Recommandations pour le traitement des infections urinaires communautaires de l’adulte à partir de 16 ans:

Préciser sur l’ECBU la suspicion clinique (cystite, pyélonéphrite)
Colonisation urinaire
Traitement uniquement pendant la grossesse et avant un geste urologique.
Cystite aiguë simple
- Fosfomycine trométamol 3g dose unique
- De 16 à 65 ans, la BU et la délivrance d’antibiotique peuvent être réalisés directement par le pharmacien formé (Service-Public)
Cystite aiguë à risque de complication ou infection urinaire masculine pauci-symptomatique
Privilégier si possible un traitement différé adapté à l’antibiogramme.
Pyélonéphrite aiguë simple
Vérifier les indications à l’hospitalisation, ECBU en urgence puis ciprofloxacine 500 mg x 2/j et réadaptation avec l’antibiogramme.
Pyélonéphrite avec facteur de risque de complication sans signe de gravité
Bilan biologique, uroscanner et antibiothérapie probabiliste identique à la PNA simple.
Infection urinaire masculine (voir section dédiée plus bas)
Infection urinaire pendant la grossesse
- BU mensuelle à partir du 4^e mois pour toutes (ou ECBU mensuel en cas d’antécédent d’IU pendant la grossesse, uropathie, diabète, antécédent de cystites récidivantes)
- Colonisation urinaire: antibiothérapie d’emblée adaptée et ECBU de contrôle J8-J10
- Cystite: ECBU, antibiothérapie probabiliste puis ECBU de contrôle et mensuel
- Pyélonéphrite: Urgences

Chapitres liés: infections urinaires chez l’enfant, infections génitales de l’homme

Bandelette urinaire (BU)

La bandelette urinaire détecte une leucocyturie (seuil 10⁴ leucocytes/mm³) ou des nitrites signant une entérobactérie.

Devant des signes évocateurs d’infection urinaire (IU) chez l’immunocompétent, une bandelette urinaire normale permet d’éliminer une IU chez la femme (VPN +95%) ou en faveur d’infection urinaire masculine lorsqu’elle est positive (VPP +90%).

NB. Une BU peut être réalisée en pharmacie en cas de suspicion de cystite simple. La patiente peut être traitée par un pharmacien formé en cas de positivité.

Examen cytobactériologique des urines (ECBU)

Indications à l’ECBU: toute suspicion clinique d’infection urinaire sauf cystite simple ou colonisation urinaire nécessitant un traitement (grossesse ou geste urologique programmé).

L’ECBU est réalisé avant l’antibiothérapie.

NB. Conservation possible des urines 12 heures à 4°C. – Collège

Prise en charge d’un ECBU positif

Signes cliniques ou non ?
Si non, colonisation urinaire. Ne pas traiter sauf grossesse ou geste urologique programmé.
Signes généraux ?
Si non, cystite aiguë.
Signes de gravité ?
Si oui, appel du 15 ou adresser aux Urgences selon l’évaluation clinique.
Facteur de risque de complication ?
Si oui, traitement de la forme à risque de complication.

Un ECBU de contrôle est réalisé uniquement en cas d’évolution défavorable.

Seuils de positivité de l’ECBU

« les seuils sont donnés à titre indicatif; en cas de discordance entre un tableau clinique évident d’infection urinaire et une bactériurie ou leucocyturie inférieure au seuil, c’est le tableau clinique prime ». – HAS, SPILF 2024

**Tableau.** Seuils de bactériurie à l’ECBU selon le germe et le sexe pour le diagnostic d’infection urinaire selon *SPILF 2018*
Bactérie	Seuil femme (≥ UFC/mL)	Seuil homme
E. coli, S. saprophyticus	10³	10³
Entérobactérie autre que E. coli, entérocoque, C. urealyticum, P. aeruginosa, S. aureus	10⁴	10³

Signes de gravité d’une infection urinaire

Rechercher des signes de gravité devant toute infection urinaire avec des signes généraux:

Gravité du sepsis
Sepsis grave (Quick SOFA ≥ 2), choc septique.
Nécessité de geste urologique (autre que sondage vésical) en péri-opératoire

Facteurs de risque de complication d’une infection urinaire

« Le diabète, type 1 ou 2, n’est pas un facteur de risque de complication ». – HAS 2021

Anomalie fonctionnelle ou organique urinaire
Résidu post-mictionnel (neurologique ++), reflux, lithiase, tumeur, acte urologique récent.
Comorbidités
- Homme (prise en charge distincte)
- Grossesse (prise en charge distincte)
- Âge +75 ans
- Âge +65 ans avec ≥ 3 critères de fragilité de Fried: amaigrissement involontaire sur l’année, marche lente, faible endurance, faiblesse/fatigue, activité physique réduite
- Insuffisance rénale sévère (DFG < 30 mL/min)
- Immunodépression grave

En l’absence de facteurs de risque de complication, l’infection urinaire (IU) est dite simple.

Colonisation urinaire: ex bactériurie asymptomatique. Présence de micro-organismes dans les urines sans manifestations cliniques.; En dehors de la grossesse (voir Infections urinaires pendant la grossesse) ou avant un geste urologique programmé, il n’y pas de seuil de bactériurie.

Cystite aiguë simple

Symptômes de la cystite de la femme: brûlures mictionnelles, pollakiurie, impériosité/urgenturie ou dysurie dits signes fonctionnels urinaires (SFU), urines troubles ou hématuriques.

Prise en charge de la cystite de la femme par BU (leucocytes + voire nitrites +) et antibiothérapie probabiliste:

Fosfomycine trométamol 3g dose unique à distance des repas
Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 3 jours

ECBU uniquement en l’absence d’amélioration à 72 heures, récidive dans les 2 semaines ou double contre-indication. Le traitement adapté à l’antibiogramme sera celui des cystites à risque de complication.

Traitement « minute » possible dès que la jeune fille est pubère. – GPIP 2023

En cas de BU négative, rechercher un diagnostic différentiel: mycose, urétrite, sécheresse cutanéo-muqueuse.
Une BU peut être réalisée en pharmacie avec orientation vers le médecin en cas de positivité.

En cas de cystite aiguë sur sonde urinaire: 3 jours d’antibiothérapie. – SPILF 2020

Cystite aiguë à risque de complication

ECBU en cas de facteur de risque de complication et antibiothérapie différée autant que possible.

Antibiothérapie probabiliste uniquement en cas de symptômes marqués:

Nitrofurantoïne (Furadantine®) 100 mg x 3/j pendant le repas pendant 7 jours
Sauf clairance < 45 mL/min.
Fosfomycine trométamol 3g à J1, J3 et J5

Antibiotique de préférence adapté à l’antibiogramme:

Amoxicilline 1g x 3/j pendant 7 jours
Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 7 jours
Nitrofurantoïne 100 mg x 3/j pendant le repas pendant 7 jours

ECBU de contrôle uniquement en l’absence d’amélioration à 72 heures ou récidive précoce dans les 2 semaines.

Bladder-scan si suspicion de rétention aiguë d’urines.

Cystite aiguë récidivante

Cystite aiguë récidivante: Au moins 4 cystites sur 12 mois, associées ou non à un facteur de risque de complication (vessie neurologique ++).; L’objectif est le contrôle des symptômes et non la stérilisation des urines.

ECBU pour les premiers épisodes de récidive et uniquement en cas d’échec après 72 heures de traitement.

Chez la femme non ménopausée, examen clinique pelvien et urétral et calendrier mictionnel (PDF).

Bilan avec échographie des voies urinaires et mesure du résidu post-mictionnel (RPM), voire débitmétrie urinaire, bilan urodynamique, uroscanner sur avis spécialisé.

Traitement des cystites récidivantes

Avec facteur de risque de complication: concertation pluridisciplinaire
Sans aucun facteur de risque de complication
- Traitement d’une cystite aiguë simple (sauf nitrofurantoïne)
- Si éducation possible: auto-BU et auto-antibiothérapie si positive, suivi semestriel

Éviter au maximum une antibioprophylaxie au long cours. En dernier recours avec > 1 épisode par mois et échec des autres mesures, sur avis spécialisé, par fosfomycine trométamol 3g 1 dose/semaine ou triméthoprime 150 mg/j au coucher (voire cotrimoxazole 400/80 mg/j au coucher).

Cystites post-coïtales: mêmes antibiotiques à prendre dans les 2 heures avant ou après le rapport, sans dépasser le rythme de la prophylaxie continue.

Prévention des cystites récidivantes

Prophylaxie des cystites récidivantes:

Apport hydrique ≥ 1,5/j
Mictions non retenues
Régularisation du transit intestinal
Arrêt des spermicides
E. coli: canneberge avec cible d’apports de 36 mg/j de proanthocyanidine
Ménopause: œstrogènes en application locale (après avis spécialisé)

Cette section concerne uniquement la femme non enceinte (la femme enceinte et l’homme ont une section dédiée).

Pyélonéphrite aiguë (PNA): Infection urinaire le plus souvent bactérienne atteignant le rein.; Signes fonctionnels urinaires avec douleurs en fosse lombaire unilatérale (spontanée ou provoquée), signes digestifs, signes généraux (fièvre, frissons).

BU et si positive ECBU.

Critères d’hospitalisation pour pyélonéphrite aiguë

Signe de gravité
Immunodépression grave
Forme hyperalgique
Incertitude diagnostique
Vomissements empêchant un traitement oral
Doute sur l’observance ou la surveillance
Poly-allergies ou multi-résistances
Décompensation d’une comorbidité
Rétention d’urine, obstacle urinaire

Pyélonéphrite aiguë simple

Antibiothérapie probabiliste de la pyélonéphrite aiguë simple juste après l’ECBU dans l’attente de l’antibiogramme:

Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j
Sauf fluoroquinolone dans les 6 mois.
Ceftriaxone IM 1 g/j (2g si obèse)
Hospitalisation

Échographie rénale sous 24 heures si hyperalgique ou ensuite si évolution défavorable après 72 heures d’antibiothérapie.

Adaptation à l’antibiogramme dès le rendu des résultats:

Amoxicilline 1g x 3/j pendant 10 jours
Cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j pendant 10 jours
Amoxicilline/acide clavulanique 1g x 3/j pendant 10 jours
Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j ou ofloxacine 200 mg x 2/j pendant 7 jours
Céfixime 200 mg x 2/j pendant 10 jours
Ceftriaxone IM 1 g/j pendant 7 jours (2g si obèse)
Entérobactérie productrice d’E-BLSE
1. Ciprofloxacine ou lévofloxacine
  ou cotrimoxazole
2. Amoxicilline/acide clavulanique
3. Céfoxitine
4. Hospitalisation

Réévaluation systématique à 72 heures. ECBU de contrôle uniquement en cas d’évolution défavorable après 72 heures.

Pyélonéphrite aiguë à risque de complication

En présence d’une pyélonéphrite avec facteur de risque de complication sans signe de gravité:

Bilan biologique: CRP, créatininémie
Uroscanner en urgence (max 24h). Échographie rénale si contre-indiqué.

Antibiothérapie identique à la pyélonéphrite aiguë simple (chapitre précédent) pendant 10 jours.

Réévaluation systématique à 72 heures. ECBU de contrôle uniquement en cas d’évolution défavorable après 72 heures.

Colonisation urinaire pendant la grossesse

Colonisation urinaire gravidique: Patiente asymptomatique avec un ECBU positif avec un seul germe à titre ≥ 10⁵ UFC/mL. Idéalement 2 ECBU positifs à une semaine d’intervalle sont requis pour le diagnostic (en pratique 1 seul est admis).; Dépistage par BU mensuelle à partir du 4e mois (ECBU en cas d’IU pendant la grossesse, uropathie, diabète, antécédent de cystites récidivantes).

Prise en charge de la colonisation urinaire gravidique par antibiothérapie systématique d’emblée adaptée à l’antibiogramme:

Amoxicilline 1g x 3/j pendant 7 jours
Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 7 jours
Fosfomycine trométamol 3g dose unique
Triméthoprime 300 mg/j pendant 7 jours
Éviter avant 10 SA.
Alternatives pendant 7 jours: nitrofurantoïne 100 mg x 3/j, cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j (éviter avant 10 SA) ou amoxicilline/clavulanique 1g x 3/j

ECBU de contrôle à J8-J10 puis mensuel jusqu’à l’accouchement.

NB. Une infection urinaire à Streptocoque B pendant la grossesse impose une antibioprophylaxie péri-natale.

Cystite aiguë pendant la grossesse

Cystite gravidique: Symptômes fonctionnels urinaires avec infection et ECBU systématique avec mêmes seuils que pour les IU non gravidiques (voir BU et ECBU).

Antibiothérapie systématique probabiliste d’une cystite aiguë de la femme enceinte:

Fosfomycine trométamol 3g dose unique
Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 7 jours

ECBU de contrôle à J8-J10 puis mensuel jusqu’à l’accouchement

En cas d’échec ou de résistance:

Amoxicilline 1g x 3/j pendant 7 jours
Triméthoprime 300 mg/j pendant 7 jours
Éviter avant 10 SA.
Nitrofurantoïne 100 mg x 3/j pendant le repas pendant 7 jours
Alternatives pendant 7 jours: cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j (éviter avant 10 SA) ou amoxicilline-clavulanique 1g x 3/j

Pyélonéphrite pendant la grossesse

Prise en charge initiale aux Urgences gynécologiques pour une pyélonéphrite gravidique.

Ensuite ECBU mensuel jusqu’à l’accouchement.

Infection urinaires masculine (IU masculine): ex prostatite, trop réductrice (forme pauci-symptomatique, prostatite, pyélonéphrite aiguë). Symptômes évocateurs: douleurs pelviennes, périnéales, urétrales ou rectales intenses indépendantes de la miction, dysurie, rétention d’urines, douleurs lombaires, signes généraux.; Bandelette urinaire conseillée et ECBU systématique. Positive, la BU conforte la suspicion diagnostique (une BU négative ne permet pas d’éliminer le diagnostic).; Premier épisode, rechercher une uropathie: pollakiurie, miction impérieuse, diminution de la force du jet, nycturie, dysurie ou anomalie au toucher rectal.; Les critères d’hospitalisation sont ceux de la pyélonéphrite.; Hémocultures si fièvre. Le PSA peut être perturbé jusqu’à 6 mois après l’infection.; Échographie des voies urinaires sous 24h si sepsis grave, suspicion de rétention ou de lithiase.
Sinon avec mesure du résidu post-mictionnel, dès le 2^e épisode ou en cas de suspicion d’anomalie des voies urinaires (+50 ans).

Infection urinaire de l’homme pauci-symptomatique

En cas d’infection urinaire peu symptomatique (« cystite-like » sans signes généraux): antibiothérapie identique à l’IU masculine symptomatique mais pendant 7 jours.

Infection urinaire de l’homme symptomatique

Recommandations en cas de signes généraux ou de douleurs de type prostatite.

Prise en charge par antibiothérapie probabiliste d’une infection urinaire masculine très symptomatique:

Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j
Sauf fluoroquinolone dans les 6 mois.
Ceftriaxone IM 1 g/j (2g si obèse)
Hospitalisation

Adaptation à l’antibiogramme dès le rendu des résultats:

Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j ou ofloxacine 200 mg x 2/j pendant 14 jours
Cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j pendant 14 jours
Ceftriaxone IM 1 g/j pendant 14 jours (2g si obèse)
Entérobactérie productrice d’E-BLSE
1. Ciprofloxacine ou lévofloxacine ou ofloxacine
2. Cotrimoxazole
3. Hospitalisation

– SPILF 2018

Traitement prolongé 21 jours si uropathie non corrigée ou autre antibiotique.

graph TB
  pna[Pyélonéphrite aiguë] --> gravite("Gravité, grossesse ou obstacle ?
- qSOFA ≥ 2
- Choc septique")
  gravite -- Non --> homme(Homme ?)
    homme -- Non --> complication("Facteur de risque
de complication ?
—
- Uropathie
- Acte uro récent
- +75 ans
- +65 ans avec 3 fragilités
- IRC sévère
- Immunodépression grave")
      complication -- Non --> simple(PNA simple)
      complication -- Oui --> arisque("PNA à risque de complication
—
- Biologie
- Uroscanner urgent")
    homme -- Oui --> masculine(IU masculine)
  gravite -- Oui --> urgences(Urgences)
  style pna stroke:#4150f5, stroke-width:1px

Figure. Prise en charge d'une pyélonéphrite en ambulatoire. Dr JB Fron d'après HAS/SPILF 2024.